Soldados de Salamina es una novela que está dividida en tres partes. La primera parte “Los Amigos del Bosque” empieza con Javier Cercas como protagonista, un periodista que investiga la guerra civil española desde la actualidad, a principios del siglo XXI. Cercas juega dos papeles en el libro: el papel del periodista (escritor vida nuestra) que ha dejado su carrera de escritor y el papel del escritor del Soldados de Salamina. Cercas descubre la historia de un fusilamiento durante la Guerra Civil Española en que un soldado republicano perdonó la vida de Rafael Sánchez Mazas, uno de los fundadores de la Falange y amigo personal de Antonio Primo de Rivera. Cercas entrevista al hijo de Mazas, el también escritor Rafael Sánchez Ferlosio. Durante esta entrevista, Javier comienza a interesarse por el cuento y la vida de Mazas y empieza investigar el tópico entrevistando a mucha gente. El título del libro Soldados de Salamina, proviene las alusiones de Sánchez Ferlosio al hecho histórico de la derrota de los persas en la Batalla de Salamina. El mismo autor publicó un artículo que describe el escape de Mazas. Este gana el interés de Miguel Aguirre, un historiar aficionado quien da a Cercas el diario de Mazas y otros contactos, quienes saben aún más. Cercas decide intentar escribir un libro sobre Sánchez Mazas, pero (a diferencia de sus dos primeros libros) no sería una novela, sino un "relato real."
En la segunda parte de la novela, también titulada "Soldados de Salamina," Cercas explica la historia de Sánchez Mazas. Creció en Bilbao con privilegio. Durante su juventud vivió en Roma por siete años donde se convirtió al facismo. Mázas creyó que el fascismo era el instrumento para restablecer la jeraquía antigua de poder. En 1929, regresó a Madrid donde escribió y participó en acciones que apoyaron el partido facista. Fue detenido en el barco Uruguay, una cárcel flotante en Barcelona en noviembre de 1937. Durante el juicio del SIM se le acusó de ser el jefe de la quinta columna en Barcelona (que era falso) y de la incitación a la rebelión (que era cierto). Sin embargo por alguna razón no fue condenado a muerte. Con los otros presos llegó al santuario de Santa María del Collell. Cuando la guerra civil casi había terminado, había un fusilamiento de los presos. Mazas escapó el fusilamiento y se econdió en el bosque donde un soldado republicano lo descubrió, le miró a los ojos y no expresó compasión, ni tampoco expresó odio. Pero, por fin, gritó a sus compañeros, "Por aquí, no hay nadie" y se fue. Mazas sobrevivió con la ayuda de la familia Ferré y Los Amigos del Bosque por muchos días. Cercas concluye que Mazas fue un gran escritor, pero no a la altura de su potencial increíble. él se queda sin un héroe para su libro.
La tercera parte de la obra se enfoca en la cuestión, ¿Qué es un héroe? Cercas deja de escribir el libro, siente que le falta una pieza. Necesita saber quién es el soldado que salvó la vida de Sánchez Mazas y por qué razón lo hizo. Reempieza a escribir para el periódico. Su primera entrevista es del escritor Roberto Bolaño. Descubre el héroe gracias a Bolaño, quien cuenta la historia de la vida del Miliciano Miralles. Miralles representa el soldado que salvó la vida de Sánchez Mazas, a pesar de que se lo negó a Cercas.
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